Developer Owncloud zaleca logowanie do systemu z użyciem połączeń szyfrowanych. Aby dokonać tego na systemach Ubuntu-pochodnych, należy poprosić Apache2 o jego wsparcie w tej dziedzinie, w terminalu należy wydać kilka poleceń:
sudo a2enmod ssl sudo a2ensite default-ssl sudo service apache2 reload
Następnie logujemy się do systemu poprzez https:// i w ustawieniach administracyjnych możemy włączyć wymuszanie logowania SSL